1995年(平成７年)9月、日本列島に大型の台風12号が接近していた。この台風は東北地方にも暴風雨をもたらした。
宮城県気仙沼の離島・亀島では、永浦亜哉子(鈴木京香)が産気づいていた。しかし、島には産院がなく、船で本土に渡らなければならない。
地元の漁師・及川新次(浅野忠信)は危険を顧みず、大しけの海へ船を出して亜哉子を本土へ送り届けた。
こうして生まれたのが永浦百音(清原果耶)である。

2014年(平成26年)、高校卒業を控えた百音は、島を離れて就職したいと言い出した。急なことで困惑する家族であったが、祖父・龍己(藤竜也)のツテを使って、百音は宮城県内陸部の登米の森林組合に就職した。登米は気仙沼の東約60kmに位置し、農業や畜産、そして林業が盛んな地域である。

百音は、祖父・龍己の古い知り合い、新田サヤカ(夏木マリ)の家に下宿している。サヤカは一人暮らしであるが、地域で一番の山主であり、森林組合の実力者でもある。また、伊達家家臣の末裔を自称しており、百音に対しては厳しいながらも優しく接している。

海のそばで育った百音が山の中で暮らすことになったのだが、1ヶ月ですっかり登米での生活に馴染んだ。実家の家族たちも、父・耕治(内野聖陽)を除いて、百音の新生活を応援している。父・耕治だけは、娘のことが心配で、事あるごとに実家に帰ってくるよう本人はもちろん、周囲の人々にも愚痴っている。

5月のある日、百音はよく晴れた気持ちのいい朝を迎えた。洗濯物を屋外に干し、空を見上げると、虹色に光る不思議な雲を見つけた。ますます気分がよくなった。
しかし、天気予報ではキャスター(西島秀俊)が、午後から天気が崩れ雨が降ると言っている。百音はせっかくの気分が台無しにされた気分になった。

午後になって、予報の通り雨が降り出した。
そんな天気の中、サヤカが百音を山に連れ出した。木のことを教えるというのだ。

山に入る頃には雨も上がっていた。それでも、ぬかるんだ山道に足を取られるなどして、百音は面白くない思いをした。つい、家を出ると宣言した陰鬱な家族会議のことを思い出してしまった。

しかし、ふと空を見上げると、今朝見たのと同じような虹色の雲を見つけた。
サヤカによれば、それは彩雲という現象で、見るといいことがあると教えてもらった。