父・司之介(岡部たかし)がふらりと家を出たまま10日以上帰ってこなかった。
トキ(福地美晴)は学校の行き帰りで街中を探し回った。

するとついに、宍道湖の岸に佇む父・司之介を見つけた。
司之介はトキの姿を見つけるや否や、湖の中へ逃げ出した。トキも後を追い、ずぶ濡れになりながら父にすがりついた。
「すまん」以外は何も話そうとしない父に向かって、そんな父に向かってトキ、失踪した理由が何であれ生きていただけで良かったと言い、一緒に帰るのだと強い口調で命令した。
さらに、司之介がいないと大好きなしじみ汁もまったく美味しくないと述べた。そこに母・フミ(池脇千鶴)も現れ、異口同音にしじみ汁の味気なさを語った。

ふたりの説得で、ついに司之介は折れた。
ただし、トキには翌日から学校に行かずに働いてほしいと継げた。それというのも、ウサギ相場が大暴落し、今やウサギには全く値がつかないという。司之介が仕入れた大量のウサギが捌けなくなったばかりか、事業拡大に投じた莫大な借金だけが残ることとなった。その額は、司之介が一生働いても返せないほどだという。
トキを学校に行かせる金はなくなったが、大好物のしじみ汁だけは飲ませることを司之介は約束した。

こうして司之介は家に帰ってきたが、その日の食卓にしじみ汁はなかった。
代わりに「しめこ汁」という初めて見る料理が出ていた。それはそれは美味で、祖父・勘右衛門(小日向文世)は有頂天になった。
ただし、「しめこ」が何かと聞いても、司之介とフキは口ごもって答えようとしなかった。

嫌な予感のしたトキは、ウサギの在庫置き場を見に行った。すると、そこには空っぽのカゴだけが積まれていて、一羽のウサギもいなかった。それらは全て絞められて食卓に上がったのだ。
祖父とともにウサギをかわいがっていたトキは、心の底から恨めしく思った。

昔からトキは、恨めしいことがあると母・フキに怪談本を読んでもらった。そうすることで恨めしさが紛れたのだ。
その夜も読んでもらったが、トキの恨めしさは増すばかりだった。

それと同じ頃、アメリカのシンシナティに暮らすレフカダ・ヘブン(トミー・バストウ)は自分で自分のこめかみに銃口を向けていた。
新聞記者の仕事を失い、無一文で餓死寸前だったのだ。遺書に、自分には何も無い、金もパンも家族も、そしてこの遺書を読む友人の一人もいないなどと書き綴った。
いよいよ覚悟を決め、引き金に指をかけたが、彼には銃弾を買う金もなかった。死にきれなかった。
そんな境遇を恨めしく思った。

遠く離れた場所で同じように恨めしさを募らせているふたりは、この5612日後に出会うことになる。

父・司之介(岡部たかし)は武士の矜持が捨てられず、働くことは恥だと思っている。祖父・勘右衛門(小日向文世)も隠居の身であり、食い扶持を稼ぐことをしない。母・フミ(池脇千鶴)が細々とした内職で家計を助けていたが、一家を支えることは到底無理である。松野家の貯金は今にも底をつきそうだった。

トキ(高石あかり)の通う小学校では、各々が将来就きたい職業を発表していた。トキは武士の娘として育てられており、女子が働くなど論外だと考えていた。そのため、他の子たちが活発に夢を語る中、小さくなっていた。

トキと仲のよいサワ(小山愛珠)は学校の先生になりたいと発表した。女は男ほど給金を貰えない中でも、他の職業と比べて教師は高給だと聞いたからだという。病弱で貧乏な両親を自分で養うことがサワの夢だという。

それを聞いたトキは大いに感じ入った。自分も教師になって一家を支えようと決意した。
その日、夕食の場でトキは家族に向かってその決意を述べた。父と祖父が武士のままでいられるよう、自分が一家の面倒をみると宣言した。家族は驚きながらも、トキの心意気を褒めた。

その頃トキは、遠縁の格式高い武家へお稽古に通っていた。そこの妻。雨清水タエ(北川景子)から茶の湯、三味線、華道などを習っていた。タエは武家の妻の鑑のような女性で、気位が高く、口調は物静かでも威厳に満ち溢れていた。

その稽古の日、トキは単刀直入に今日いっぱいで稽古をやめると言い出した。自分は小学校の先生になるつもりであり、それには茶も三味線も花もいらないというのが理由だった。付き添いで来ていた母・フミも突然のことに驚いてしまった。

タエは落ち着き払ってトキを諭した。武士の娘は嗜みを持ち、夫や家を支えることが本懐である。商いをしたり、教師になったりするなど、外で働くことなどすべきではないと静かに話した。
タエから水を向けられた母・フミもその冷酷な雰囲気に気圧され、一も二もなく頷いた。

その直後、タエの夫・傅(堤真一)が部屋に入ってきた。昨日まで髷を結っていた傅であったが、理髪店に行ってきた帰りだという。彼は自分の散切り頭を気に入り、妻や女中に一刻も早く見せたかったのだという。しかし、一同はあまりのことに言葉を失った。
唯一、トキのみがよく似合っていて立派に見えると本心から述べた。しかし、他の者たちは相変わらず黙ったままだった。もちろん、タエも黙ったままだった。

さらに傅は、織物工場を始めると宣言した。すでに武士の時代は終わり、これからは時代に即して生きていかねば路頭に迷うというのが傅の考えだった。
タエは、武士であった夫が商売を始めると聞いて、二の句が継げなくなった。

帰宅したトキは、傅のことを思い出してうっとりした。立派な大人物な上、散切り頭もよく似合っていた。加えて、お土産のお菓子までくれたのだ。自分の父は正反対である。傅が父であったらよかったとボヤいた。
そのボヤキが、ちょうど帰宅した父・司之介に聞かれてしまった。拗ねる父に対してトキは、よその家のことは気にせず、司之介は司之介らしく武士を続けてほしいと話すのだった。

ある日、学校から帰ってくると見知らぬ客人(田中穂先)が父と一緒にトキの帰りを待っていた。彼は風呂敷で覆った大きな荷物を持っていた。
風呂敷を取り除くと、そこにはカゴに入った一羽のウサギがいた。トキは思わぬことに喜んだ。

子どもたちがコミュニティFMの放送スタジオにやって来た。次の日曜に子ども会の秋祭りを開催するという告知である。子どもたちはたどたどしくも元気いっぱいに宣伝をした。百音(清原果耶)もたくさんの元気をもらった。

彼らが帰った後、百音は当日の天気予報を調べた。すると、朝は風のない良い天気だが、10時ころから風が吹き始め、午後にはひじょうに強い風が吹くと予想されていた。祭り会場となる公園を下見したところ、風を遮るような構造物がなく、屋台のテントなどが強風で倒壊するおそれのあることがわかった。

百音は保護者たちに祭りの延期を提案した。しかし、彼らは簡単には従わなかった。天気予報が必ず当たるとは限らない、風が吹き始めたら撤収すればよいなどと楽観的に考えているのだ。さらには、予報がはずれた時に百音は責任をとれるのかと詰め寄った。

説得に難儀した百音は、切り札となる情報を持ち出した。
その日の朝だけは風が吹かないので、海が穏やかで澄んでいる。このことから、今年初のアワビ漁の日になるかもしれないと話した。彼らにとって、アワビ漁は一家総出の大きなイベントであり収入源である。アワビ漁とも慣れば子ども会の祭りどころではない。
保護者たちは祭りの延期を決めた。

けれども、アワビ漁の許可はなかなか出なかった。百音は自分の予想がはずれ、保護者たちに吊るし上げられるのではないかとヤキモキしていた。
秋祭りが予定されていた日の前日、14時ころになってやっとアワビ漁解禁が発表された。百音の予想通り、秋祭りをやるはずだった日の朝、2時間だけ許可するというのだ。

コミュニティFMで告知した漁協長・太田(菅原大吉)は帰り際に百音に声をかけた。アワビ漁解禁日について情報提供した百音のことを邪険に扱っていたが、百音が勝手に置いていった資料を少しは参考にしたというのだ。太田の口調はぶっきらぼうであったが、百音への感謝がにじみ出ていた。それだけで百音は嬉しかった。

こうして、17日は朝からアワビ漁が行われ、予報通り風もなく海は澄み渡っていた。そして、午後にもやはり予報通り強い風が吹いた。全ては百音の予想通りだった。

子ども会保護者の中心人物である高橋(山口紗弥加)が百音にお礼を言いにきた。彼女は現在のコミュニティFMの前身となる災害FM放送にボランティアとして参加していた。そのため現在も思い入れがあり、百音が参加してくれたことを嬉しく思っているという。
そして、百音が人々のことを助けたいと思っていることに共感を示した。高橋が災害FMに参加した動機も同じだったからだ。高橋からの応援を受け、百音は嬉しかった。

一方で、自分の行く先を考えさせられることもあった。
大学を休学して復興や街づくりを手伝いつつ学びに来ていた水野一花(茅島みずき)が東京に戻ることにしたという。彼女は外から来た人間にはできることがないと思い知ったという。しばらく離れていたとはいえ、地元出身の百音とは立場が違うというのだ。
百音は、外から来た人だからこそより一生懸命考えるし、それによって良いこともあるかもしれないと話した。それは水野を励ます言葉であるとともに、自分を正当化するための発言だと自覚していた。
それでも気仙沼を去るという水野の意思は変わらなかった。

百音(清原果耶)は気象予報士試験の合格通知を受け取った。一刻も早くサヤカ(夏木マリ)に知らせたかったが、彼女はどこかへ出かけたままなかなか帰ってこなかった。

やっとサヤカが帰宅した。
しかし彼女の顔を見ると、百音はなぜか合格のことを言えなくなってしまった。

何日か経って、今度はサヤカが百音に結果を尋ねた。百音は我知らず引きつった表情になり、不合格だったと嘘をついた。
その様子を嘘だと見抜いたサヤカは、こっそりと菅波(坂口健太郎)に話を聞こうとした。しかし、サヤカの様子から何かを読み取った菅波は、守秘義務があるなどと言って結果を教えなかった。

一方、樹齢300年のヒバを切る日が近づいていた。
伐採後は、いくつもの木材に加工し、使用目的に応じて10年から50年ほどの乾燥が必要である。材木関係者に協力を依頼し、ほとんどの木材の預かり先は決まった。しかし、能舞台の柱に使う予定の木材だけは引き取り手が見つからないままだった。乾燥には50年が必要であり、誰にとっても負担が大きいからだ。

協力者が見つからないまま、伐採の日になった。
大鋸の一方をサヤカ、もう一方を百音が持ち、挽き始めた。