藍子（菊池和澄）は相変わらず、学校でからかいの対象になっている。見知らぬ児童にまで「ゲゲゲの娘、妖怪の娘」とはやしたてられる。彼女は、嵐が通り過ぎるのを待つように、じっとしているしかなかった。心配をかけたくないからと、家族にも黙っているのだった。

　家庭訪問に来た担任教師（堀内敬子）は、まだ問題に気づいていない。藍子の過度に引っ込み思案な性格は、家庭環境に原因があるのではないかと考えている。教育方針を問われた布美枝（松下奈緒）は、全て本人任せだが、健康で優しい子に育てばいいと答えた。
　偶然、茂（向井理）の仕事場を垣間見ることになった担任教師は、締め切り直前の活気と混乱に目を回した。それとは別に、成人向けの漫画雑誌が子どもの手に届く場所にあることも注意したりした。

　一方で、担任教師は藍子の作文のできの良さを褒めた。家族で連休に高尾山にハイキングに行った様子が、活き活きと楽しそうに描写されているのだ。しかし、それは完全な捏造だった。本当はデパートに出かけただけなのに、藍子は高尾山に行ったと嘘を書いたのだ。布美枝は驚きながらも、担任の前では素知らぬふりをしていた。

　布美枝はふたりっきりの時、それとなく藍子に作文のことを聞いてみた。藍子の言い分は、ケチな茂が何も買ってくれなかったデパートの話など書いても面白みがない。友達から聞いた高尾山の話が面白かったから、それを書いたまでだ。父がこの世では有り得ないことを漫画に描くのと同じことだと言い張るのだった。
　布美枝から学校は楽しいかと聞かれると、ますます不機嫌になって部屋に閉じこもってしまった。

　その夜、漫画の構想を練るので頭がいっぱいな茂を捕まえて、布美枝は藍子のことを相談した。しかし、茂はまともに取り合わない。子供は創作をするものだから作文のことは瑣末だ、娘は健康に育てばそれでいい、などと話もそこそこに仕事に戻ってしまった。布美枝は、茂に相談しても無駄だと思い始めるようになった。

　ふと茂の背中を見つめると、なにやら妖怪が取り付いているようにも見えた。

　そして5月の末。
　布美枝の実弟で、騒動の末ミシン問屋に婿入りした貴司（星野源）が調布に遊びに来た。

　5月の連休の朝。
　茂（向井理）の両親はすっかり調布に住み着いてしまった。医者にはなんともないと言われたが、茂の母（竹下景子）は心臓が悪いと言っている。自分がいなくなってもいいように、夫・修平（風間杜夫）に厳しく家事を仕込んでいる。

　11時頃、寝坊した藍子（菊池和澄）は布美枝（松下奈緒）が起こしてくれなかったことに文句をいう。今日は10時に友達と待ち合わせて、揃いの文房具を買いに行く約束をしていたのだ。遅刻したせいで、藍子は置いて行かれてしまった。
　布美枝は、間に合うように一度は起こしに入ったのだ。しかし、「子どもは好きなだけ寝かせておく」ことを教育方針としている茂に注意され、布美枝は従ってしまったのだ。

　藍子はすっかりへそを曲げてしまった。明日、一家でデパートに行くから、そこで新しい文房具を買ってやるとなだめても聞く耳を持たない。藍子は布美枝だけではなく、茂への不満もぶちまける。デパートに行っても父はケチで何も買ってくれない、子供の寝坊を推奨するなど社会では認められないなど、不満は次々に出てくるのだった。
　普段はおとなしい藍子がどうしてそこまで機嫌が悪いのか、布美枝はいまだ理由を掴みかねていた。

　布美枝が商店街に買い物にいくと、義母から使いを命じられた義父に出くわした。浮世離れして、話の面白い義父は商店街の人気ものになっていた。どこに行っても人々から声をかけられる。その様子に、布美枝はびっくりするのだった。

　一方、布美枝の落ち込んだ様子に気づいた義父は、彼女を喫茶店に誘って話を聞いてやることにした。子供たちとの接し方に戸惑っていると、正直に打ち明ける布美枝。藍子の反抗的な態度と、喜子（松本春姫）の世間離れした性格が悩みの種なのである。
　義父・修平は、喜子にかんしては心配がないという。小さい時の茂は喜子にそっくりで、自分の興味を最優先し、何の役にも立たないことばかりするおかしな子だった。しかし、人と違うことをしていたことが、今の独特な漫画に繋がっている。何がどのように好転するかわからないから、気にしなくて良いと励ますのだった。

　家に帰ると、藍子の機嫌が良かった。寝坊した藍子の分まで、友達が揃いのペンを買ってきてくれたというのだ。これから友達の家へ受け取りに行くという。明るさを取り戻した様子に、布美枝と修平はひと安心するのだった。

　ところが、連休明けの家庭訪問は不穏な始まり方だった。藍子の担任（堀内敬子）は、藍子の遅刻癖を気にしている。村井家では何かおかしな教育方針を取っているのではないかと探りを入れてきた。しかし、布美枝は、茂が子供を好きなだけ寝かせておくなどといったことは言わず、心当たりはないと言った。
　その返事を聞いて、担任が思い至った仮説は、藍子は学校が好きではないということだった。

　茂（向井理）の大躍進の立役者であった豊川（眞島秀和）に異動命令が出て、『少年ランド』を離れることになった。会社の看板雑誌の編集長に大抜擢されたのだ。豊川は会社の命令には逆らえないと残念がりつつ、7年間に渡る茂との付き合いを思い返すのだった。
　担当編集者だった北村（加治将樹）も編集デスクに昇進し、これからは新人の松川冴子（杉本有美）が担当となる。菅井（柄本佑）や茂の父（風間杜夫）は、美人の彼女に、我を忘れて見とれてしまうのだった。

　藍子（菊池和澄）が水木しげるの娘であるということは、小学校中に知れ渡っていた。すぐにからかいの対象となった。鬼太郎の歌のとおりに藍子は朝寝坊で遅刻する、売れっ子漫画家の娘なのにみすぼらしい文房具を使っている、水木しげるは妖怪の存在を吹聴する嘘つきであるなどと言われ、藍子はひどく傷ついた。しかし、内気な藍子は何一つ言い返すことができなかった。

　一方、妹の喜子（松本春姫）はやんちゃで周囲を手こずらせていた。幼稚園ではお絵かきの時間にひとりだけ抜けだしてブランコで遊んでいるという。本人の言い分は、他人と争うことなくブランコを独占できるということだった。仕事場に闖入してくる喜子に手を焼きながらも、そのような合理的な点を茂は評価していた。しかし、布美枝（松下奈緒）は集団行動のできない喜子のことが心配になる。

　放課後、藍子は帰宅するや否や、学級名簿の職業欄に漫画家と書いたかどで布美枝に文句を言った。しかし、布美枝は、どうして茂の仕事を隠す必要があるのかと逆に言い聞かせた。茂は精魂込めて真面目に仕事をしており、誰に恥じることもない。売れない時代にもコツコツと描き続けた姿勢など、むしろ尊敬に値すると話した。

　藍子は笑顔を見せ、母に同意し、元気を取り戻した。
　しかし、それは彼女の芝居だった。むしろ藍子は、母に相談しても自分の気持は分かってもらえず、無駄だと思い知っただけだった。

　藍子が宿題をしていると、喜子が忍び寄ってきて風船を割って驚かせた。それが原因で大きなきょうだいゲンカになった。騒ぎを聞きつけてやって来た布美枝は、姉だという理由だけで藍子のみを叱るのだった。
　藍子はますます母への不満を募らせた。布美枝は、藍子の気持ちを全く理解できていなかった。

　昭和47年4月。両親との同居や、アシスタントの増員に合わせて野放図に家の改築を行ったので、さながら迷路のような家になった。娘の藍子（菊池和澄）は小学4年生、喜子（松本春姫）は幼稚園の年長組になった。

　茂（向井理）の人気は相変わらずで、次から次への仕事が舞い込む。アシスタント就任2年目の相沢（中林大樹）がプロダクションの中心でみんなから頼られている。一番の古株の菅井（柄本佑）はそれが面白くない。先輩風を吹かせようとするが、結局失敗してしまうのは相変わらずだ。
　休む間もなく働く茂を心配して、母（竹下景子）は毎日鰻を買ってくる。ただし、全て布美枝（松下奈緒）に請求が回ってくるので、少なからず家計を圧迫している。しかし、義母に遠慮のある布美枝は言い出すことができない。

　来る仕事を基本的に断らない茂はてんてこ舞いだ。トイレに篭ってしばし休息していると、窓の外の猫（声・永井一郎）が話しかけてきて、のんびりできないのは「妖怪いそがし」に取り憑かれたからだと脅した。
　それでも、茂は仕事の手を休めない。食事中も新聞を広げて、ネタ探しに余念が無い。布美枝らが話しかけてものれんに腕押しだった。

　藍子は学校で困ったことになった。
　小さい頃に「ゲゲゲの娘」とからかわれたことがあったので、父のことは秘密にしていた。しかし、帰宅する藍子の後を付けた同級生が、水木しげるの正体は藍子の父親であると嗅ぎつけてしまった。噂が一気に広がり、藍子は困惑するのだった。

　昭和43年1月3日、『ゲゲゲの鬼太郎』のテレビ放送が始まった。番組は大ヒットし、子どもはもちろん、大人たちも主題歌を歌うほどであった。

　茂（向井理）はますます忙しくなった。漫画の依頼だけではなく、取材を受けることもしばしばである。スケジュール管理のため、弟の光男（永岡佑）をマネージャーとして田舎から呼び寄せた。水木プロダクションは、村井一族がますます助け合うようになった。

　そんな矢先、茂の両親（風間杜夫、竹下景子）が冬の間だけでも東京で暮らしたいと言ってきた。境港に吹きつける冷たい風に辛抱ならないのだという。光男の上京により、息子や孫たちが全員東京にいることも理由の一つである。変わり者の両親の扱いに苦慮する兄弟たちだったが、結局、布美枝（松下奈緒）に世話を押し付けて、茂の家で預かることになった。
　面倒なことになったと思う反面、義母の茂に対する愛情をよく知っている布美枝なので、思いは複雑であった。

　ある日、倉田（窪田正孝）の投稿漫画が、ついに新人大賞を獲得した。プロデビューがほぼ決まった。
　倉田はデビューしてもアシスタントを続けるつもりでいた。水木プロダクションの忙しさを考えれば、自分が抜けるわけにはいかないと思うからだ。しかし、茂の方から倉田にアシスタントを辞めるよう説き伏せた。茂は、漫画家仲間として倉田を認め、彼には自分の作品に集中して欲しいと願っているのだ。

　そして、小峰（斎藤工）も一緒にプロダクションを辞めることになった。彼はずっと前から日本中を旅したいと思っていた。3年前、旅立ちの直前にたまたま茂と出会い、そのままアシスタントに就任した。しかし、彼自身そろそろ潮時だと思ったのだ。
　一番頼りないアシスタント、菅井（柄本佑）だけが残ることになった。先輩格2人がいなくなることに不安を隠せないが、今後は経験者として新人アシスタントたちをまとめていくよう、みんなから激励された。

　夜、布美枝は茂が自宅の改築図を描いているのに気づいた。新しいアシスタントや田舎の両親を引き取るにあたって、家を使いやすくしようというのだ。

　両親を引き取ることについて、布美枝はまだはっきりと同意していない。兄弟たちの圧力に押されて、うやむやのまま押し付けられただけなのである。
　茂は改めて、両親を引き取るつもりだという意思を布美枝に伝えた。事実上、布美枝が両親の世話をすることになるが、それで良いかと同意を求めた。布美枝は了解した。

　茂は布美枝のことを信頼して世話を頼んだのだ。布美枝も茂から信頼されていることが嬉しかった。

　秋になって、両親が到着した。

　怪我をして村井家に転がり込んだ深沢（村上弘明）は事情を話し出した。大手出版社と『ゼタ』との合併が破談になったのだという。合併後も深沢に編集長を任されるはずだったが、無名漫画家の掲載を一方的に拒否されてしまった。大手が欲しかったのは、『ゼタ』でも深沢でもなく、茂（向井理）ら一部の人気作家だったのである。無名作家発掘をライフワークと考える深沢は、それを不服としたのだ。

　大きな予算を獲得し、大事業を行うチャンスだったのに、深沢がそれを台無しにした。これまで彼に付き添ってきた秘書の加納郁子（桜田聖子）もついに愛想を尽かして退職してしまった。
　ビジネスチャンスを失い、同時に公私共に支えてもらった郁子をも失ったことで、深沢は自暴自棄になってしまった。酒場で漫画のことを愚弄する客に出会い、彼らとケンカになった。そこで怪我をして村井家にたどり着いたのだ。

　深沢は後悔していた。志を共有して会社を起ち上げた郁子であったが、ふたりの意思は離れ始めていた。それに気づきつつも深沢は対策を講じなかった。最終的に、自分の志と郁子を天秤にかけ、前者を選んでしまったのだ。郁子を失うことの重大さに気が回っていなかった。

　布美枝（松下奈緒）は、郁子も全く同じジレンマに悩まされていたのだと解釈した。そして、彼女も深沢と同じように、大切な人よりも、自分の志を選んだのだろうと想像した。自分には真似のできないことであるが、そういう人物が世にいることは理解できるし、彼らはその点に関して考え方が完全に合致していたのだと解釈した。

　姉の総括を聞いて、いずみ（朝倉えりか）も自分の進むべき道を考え直した。
　自分には、郁子のように東京で職業人としてキャリアを積むことはできそうにない。そしてまた、布美枝のように専業主婦として家族のために自分を犠牲にすることもできそうにない。一方で、心を寄せる倉田（窪田正孝）には、初志貫徹して、立派な漫画家になって欲しい。

　いずみが下した結論は、自分が実家に帰ることだった。そこで自分を見つめ直し、自分の将来を打開しようというのだ。父（大杉漣）の勧める見合い話も、頭ごなしに拒否するのではなく、一度会ってみるなど冷静に判断する必要もあるだろうと考えるのだった。

　8月下旬、いずみが実家に帰る日となった。茂やアシスタントたちが見送る中、倉田だけが姿を見せない。
　いよいよ布美枝が運転する車（彼女は免許を取得した）で出発しようとしていたところ、倉田が息を切らしながら駆け込んできた。いずみと約束していた「金で買えないけれど、素敵なもの」の準備に手間取っていたのだ。
　彼は、画用紙に水彩絵の具でいずみの肖像画を描いた。優しい笑顔のいずみが描かれていた。それは、いずみにはいつまでも笑顔でいて欲しいという倉田の願いと激励が込められていた。倉田との別れに一度は涙を流すいずみであったが、本物の笑顔を倉田への置き土産として帰っていった。

　その日、年明けから『ゲゲゲの鬼太郎』がテレビ放送されることが決まった。

　浦木（杉浦太陽）の情報によれば、大手の成田出版が『ゼタ』ごと雄玄社を買収して合併するという。深沢（村上弘明）はそのまま編集長として残り、多くの予算を得て充実した誌面ができるだろうと予想されている。成田出版の目論見は、『ゼタ』を支持する大学生などの青年層の取り込みである。
　儲けのチャンスがあると睨んだ浦木は、深沢と親しい茂（向井理）から詳しく話を聞こうとするが、茂は知らぬふりをするのだった。

　浦木の情報通り、合併計画は順調に進んでいた。深沢の部下・加納（桜田聖子）はこれまで規模の小さな仕事しかできずにくすぶっていた。しかし、大手との合併を見越して新規企画を次々に立ち上げるなど、やる気を取り戻してバリバリと働いていた。

　ある日の夜、倉田（窪田正孝）は茂に自分の漫画原稿を見せて相談していた。新人漫画賞の締切りが3日後に控えていて焦っていた。自分でも駄作であることは自覚しているのだが、根本的な修正ではなく、小手先の体裁を整える方法を聞きたがった。
　しかし、茂はもっとじっくりと作品に取り込むよう作家の心構えを話すだけで、作品へのアドバイスはしなかった。付け焼刃でデビューしても長続きしない、若いうちに実力を蓄えておかないと、すぐに才能が枯渇してしまうと諭すのだった。

　久しぶりに茂とゆっくり話をしようとしていた布美枝（松下奈緒）であったが、彼らの様子を垣間見て、声をかけそびれてしまった。同時に、どんなに忙しくなっても漫画への情熱だけは昔と変わらない茂の態度を頼もしくも思うのだった。
　布美枝から倉田の様子を聞いたいずみ（朝倉えりか）は仕事部屋を盗み見るが、苦悩する倉田に対してどうすることもできないのだった。

　その夜、茂がひょっこりとダイニングに現れた。鬼太郎のテーマ曲の詞が完成したので、布美枝に真っ先に見せたかったのだという。布美枝はどんなに怖くて勇ましい歌になるのかと思っていたが、「ゲ、ゲ、ゲゲゲのゲ」で始まる歌詞は愉快で面白いものであった。布美枝はいっぺんに気に入ってしまった。
　同時に、久しぶりにゆっくりと話ができたことも嬉しかった。

　しばらくして、茂の詞に曲が付けられ、主題歌が完成した。豊川（眞島秀和）と船山（風間トオル）はその主題歌をもってテレビ局を回ったところ、歌の面白さも相まってテレビ化の企画が順調に進みだした。しかし、『墓場鬼太郎』という縁起の悪いタイトルがネックになり、スポンサーの獲得でつまずいた。

　3人で新たにタイトル案を練り、豊川の提案した『ゲゲゲの鬼太郎』が満場一致で採択された。

　その夜、全身傷だらけになった深沢が村井家に現れた。彼は何も言わず、玄関に倒れこんでしまった。